Gleichzeitig stieg der Salzgehalt auf 26 % (auch 36 % wurden schon gemessen), was ein Fischsterben mit dem Niedergang von Fischerei nach sich zog. Ehemalige Hafenstädte, Bade- und Uferorte liegen heute mitten in der Wüste, mehr als 100 km von der Uferlinie entfernt. Nach dem Rückzug der Wasserlinie bleibt eine Salz- und Staubwüste, die durch jahrzehntelange hohe Ein, Herbiziden, Pestiziden und anderen Schadstoffen zudem hoch gesundheitsgefährdend ist. Zur Entlaubung der Baumwollkulturen für die maschinelle Baumwollernte wurde extensiv Agent Orange verwendet, eine giftige Substanz, die die US-Armee auch im Vietnamkrieg eingesetzt hatte. Agent Orange wurde im gesamten Aralbecken in der Regel direkt über den Baumwollpflückern versprüht, die nur wenige Sekunden Vorwarnzeit hatten, um sich unter Zeltplanen in Sicherheit zu bringen. Die Salz-und Staubverschmutzung vergrößert sich noch dadurch, dass der Aralsee in einer großen Luftschneise von West nach Süd liegt. Der Lufts auf und verteilt sie bis in die höheren Schichten der S, ein Vorgang, der die globale Luftverschmutzung um ca. 5 % ansteigen lässt. Aus diesem Grund können Pestizide aus der Aralregion sogar im Blut von Pinguinen der Antarktis nachgewiesen werden. Auch kann man den Aralstaub auf Grönlands Gletschern, in Norwegens Wäldern und in der Mongolischen Wüste finden.